凝膠成像系統(tǒng)和計算機(jī)軟件結(jié)合應(yīng)用于生物工程研究

計算機(jī)凝膠成像系統(tǒng)和圖象處理軟件BioImage 2.0結(jié)合,應(yīng)用在分子生物學(xué)和生物工程研究中的結(jié)果保存分子量計算,密度定量,密度掃描,PCR定量等數(shù)據(jù)處理中,并能取代某些儀器。 
計算機(jī)尤其是Internet的發(fā)展和信息共享的原則對生物科學(xué)的發(fā)展起到了極大的推動作用。此外將計算機(jī)技術(shù)的發(fā)展和特殊的硬件系統(tǒng)相結(jié)合,在生物科學(xué)的日常研究工作中,也得到極為廣泛的應(yīng)用并能取代某些特定的分析儀器。 
本文以計算機(jī)凝膠成像系統(tǒng)SX100和圖象處理軟件BioImage V2.0為例,說明其在分子量計算,密度掃描,密度定量,PCR定量等生物工程常規(guī)研究中的應(yīng)用。 
1　圖象攝取  
計算機(jī)凝膠成像系統(tǒng)SX100(上海四星生物技術(shù)實業(yè)有限公司)采用數(shù)碼攝影將攝取的圖象直接輸入計算機(jī)系統(tǒng)。在暗箱中的紫外燈照射下,通過調(diào)節(jié)變焦光圈、變焦倍數(shù)及焦距使樣品清晰及大小適當(dāng)。圖象攝取獲得以后,通過BioImageV2.0軟件中圖象處理菜單的“亮度”和“優(yōu)化項進(jìn)行亮度調(diào)整和圖象優(yōu)化,以降低圖象本底噪聲。一般經(jīng)過這樣處理以后能得到清晰的凝膠圖片,同時在圖象中加入文字信息進(jìn)行適當(dāng)注釋,用熱敏打印機(jī)或現(xiàn)在常用的高品質(zhì)照片級噴墨打印機(jī)(如EPSON的PHOTO系列)打印以后可以得到符合文章發(fā)表要求的照片打印。  
2　分子量定量  
對于一般常用的DNA膠片,利用BioImage中分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結(jié)果較肉眼觀察估計要準(zhǔn)確很多。例如，在構(gòu)建表達(dá)載體pBL II完成后限制性內(nèi)切酶酶切驗證時利用其功能判斷分子量大小。  
3　密度定量  
一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。但利用凝膠成像系統(tǒng)和BioImage軟件,對于DNA膠片上某一已知其DNA含量的標(biāo)準(zhǔn)條帶,在調(diào)節(jié)閥值和積分框并進(jìn)行密度標(biāo)定以后,可以方便的單擊其他未知條帶根據(jù)其優(yōu)良光密度值得到其DNA含量。它比紫外吸收法方便,可以測出不同長度的片段的含量,而所得結(jié)果對于分子生物學(xué)操作要求 的準(zhǔn)確度是足夠的。值得指出的是,此方法也適用于對PA GE蛋白膠條帶的濃度測定。 
4　密度掃描  
在分子生物學(xué)和生物工程研究中,*常用到的是對蛋白表達(dá)產(chǎn)物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統(tǒng)的方法是利用的密度掃描,但利用生物分析軟件結(jié)合現(xiàn)在實驗室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。  
以BioImage V2.0為例,選擇密度掃描命令,將代表某一微生物菌株的泳道圖象用虛線框住以后,即可得到對此區(qū)域的縱向掃描曲線圖。一般選擇缺省的自動積分選項可以自動計算出對應(yīng)于各個膠帶的每個峰面積相對于整個曲線所占的百分比,也可以選手動積分人工選擇積分區(qū)域,對于某些條帶較弱,本底較高的圖譜可以進(jìn)行基線調(diào)整以得到更佳的實驗結(jié)果并在誤差的允許范圍內(nèi)。圖為構(gòu)建的pBL II載體表達(dá)后進(jìn)行SDS-PA GE電泳檢測并對第四泳道掃描蛋白表達(dá)占總蛋白表達(dá)量的百分?jǐn)?shù),結(jié)果為25%左右。 



5　PCR(Polymerase Chain Reaction聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))定量  
PCR定量主要是指當(dāng)做PCR實驗時如果擴(kuò)增出來的條帶不是一條時利用此命令可以計算出各個條帶占總體的相對百分?jǐn)?shù),就此功能而言與密度掃描類似,但實際在原理上并不相同。PCR定量并不對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分,而是對選定的幾條帶進(jìn)行相對密度定量并計算其占總和的百分?jǐn)?shù)。圖4是對左圖**泳道PCR結(jié)果各片段所占含量測定。